术中，术后可引起相关副作用，如出血，神经以及血管损伤，发热反应，疼痛，发生几率低，可以对症处理。如术后适当使用止痛药，可缓解疼痛不适。给予动脉加压30分钟到两个小时，可以避免出血的发生。轻微发热反应，不需特殊治疗，2到3天可以自动消失。神经，血管损伤属于严重并发症，但手术操作规范，隔离液注射准确，一般均可避免发生。
甲状腺微创消融手术是利用甲状腺消融针，配合视觉成像系统，精确扫描确定病灶。
在超声的引导下，局部麻醉后，消融针会穿透患者颈部的皮肤，直接穿刺到结节的局部进行消融。消融针会产生60-70度的高温，使组织细胞的活性完全消失，造成结节的局部碳化或蛋白质的凝固性坏死，慢慢被体内的巨噬细胞吞噬吸收。甲状腺微创消融手术是一种微创技术。伤口小，容易恢复，但有一定的适应症。并非所有患者都适合微创甲状腺微创消融手术，应严格遵守手术的指征。
甲状腺消融术多数没有副作用，每位病人的体质与病情不同所以治疗也不一样，病人可按照个人情况经专家确认有效的诊断之后，按照病人的病情选择安全、有效、价廉和易购的药物。才会取得治疗效果。
甲状腺射频消融术是近年来国内外开展的一种甲状腺结节或肿瘤治疗新方法。
该手术采用超声引导将消融电极经皮准确穿刺进病灶内，用频率200-1200kHz高频交流使得周围组织内极性分子和离子振动、摩擦，转化为热能，最终产生的热量随着传导距离的延长，温度会迅速下降，其破坏范围只在几毫米以内，最终坏死组织被机体吸收，达到微创局部灭活病灶的目的，达到与传统手术相同的效果。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺消融治疗是微创治疗，甲状腺消融术主要是指在超声引导下，用消融针介入甲状腺结节，发出高频微波，产生局部高温，瞬间消融病变的微创治疗技术。
消融治疗具有创伤小、时间短、不留瘢痕、安全、准确的优点，且术后甲状腺功能好，无需终身服药，是甲状腺良性病灶的微创治疗技术。甲状腺烧灼治疗可治疗甲状腺良性结节，微波消融安全、有效、不易复发，但对超声怀疑有钙化灶或恶性的病灶，仍建议以切除手术为主。部分医生采用甲状腺消融术治疗小于1cm的甲状腺微小癌，部分患者也取得了较好的疗效，但消融对真正的甲状腺癌根治目前临床上尚有争议。