甲巯咪唑片常见的副作用有：药物热。粒细胞缺乏症，在治疗开始数周或数月，也可以出现粒细胞缺乏症。如果出现粒细胞缺乏症，必须停止服药，大部分病例可自发恢复。还有不同程度的过敏性皮肤反应，如瘙痒症、皮疹、风疹等，这些皮肤反应大部分是轻微，经常在继续治疗期间缓解。
甲巯咪唑片副作用较多见皮疹或皮肤瘙痒及白细胞减少;较少见严重的粒细胞缺乏症;可能出现再生障碍性贫血;还可能致味觉减退、恶心、呕吐、上腹部不适、关节痛、头晕头痛、脉管炎、红斑狼疮样综合征。
头两个月，最多见的是皮疹和皮肤瘙痒，如果症状比较严重，需要停药或者换药，血液系统异常轻者可以导致白细胞减少，重者可以导致粒细胞缺乏以及再生障碍性贫血，应该定期的检查血象，以及肝功能。
甲巯咪唑片不会引起掉头发的，掉头发主要是和营养元素压力增大等有关联，多注意平时的饮食健康多吃蔬菜，不要熬夜，尽量少吃油炸类型的食品，最好2~3天洗一次头发，注意头发的养护，掉头发严重的建议到专业毛发医院进行毛囊检查，确定具体原因，及早对症治疗。
甲巯咪唑是治疗甲状腺功能亢进的药物,如果出现了上述药物过敏,此时需要立即进行脱敏治疗。如果过敏的程度并不严重,属于轻度的过敏,但如果出现了皮肤瘙痒,身上出现了红疹、斑疹、斑丘疹,或者出现了身体不适,例如胸闷、气短、心悸,需要立即到医院进行脱敏治疗。平时注意清淡饮食、多吃新鲜蔬菜、水果，多喝白开水，禁食辛辣、油炸、刺激性食物。
