肛门有血栓最有效的治疗方法是需要手术将血栓进行切除，也可以先考虑药物治疗，在熏洗理疗之后，可以使用痔疮膏，平日不要吃酸辣及刺激性食物、禁烟酒、多吃蔬菜及水果、保持大便通畅等。
肛门血栓不是痔疮。肛门血栓主要是由于过量的食用辛辣，油腻这些刺激性的食物导致大便排出困难，引起肛周皮下的静脉破裂出血，血液淤积于皮下而形成。常见的临床表现是肛门坠胀，疼痛，有异物感。痔疮主要是由于直肠下端的肛垫出现病理性肥大所引起。
血栓痔疮中的血栓，如果直径小于1cm，在用药的情况下是可以吸收的，比如外用马应龙痔疮膏或者龙珠软膏，大便后用活血化瘀的中药进行熏洗、坐浴治疗。治疗期间保持大便通畅，饮食清淡，禁食辛辣刺激性食物，避免久坐、久蹲等。3-5天的血栓可以吸收，如果血栓超过了1cm，吸收的可能性不太大，可能需要手术进行剥离切除，根据专科检查情况对症治疗，以免延误病情。
血栓痔疮中的血栓，如果直径小于1cm，在用药的情况下是可以吸收的，比如外用马应龙痔疮膏或者龙珠软膏，大便后用活血化瘀的中药进行熏洗、坐浴治疗。治疗期间保持大便通畅，饮食清淡，禁食辛辣刺激性食物，避免久坐、久蹲等。3-5天的血栓可以吸收，如果血栓超过了1cm，吸收的可能性不太大，可能需要手术进行剥离切除，根据专科检查情况对症治疗，以免延误病情。
血栓性外痔疼痛剧烈，通常伴有急性炎症水肿，虽少许病人通过消炎镇痛及局部坐浴血栓性外痔可另逐渐机化，但仍建议在急性期手术处理。局麻下切开痔核表面粘膜，清除其内血栓，彻底止血后创面予以结扎缝合处理，术后抗炎及局部每日消毒创面。
肛门血栓其实就是血栓性外痔，是痔疮的一种，那么血栓性外痔是外痔最常见的一种，常常表现是在突然觉得出现一个肿块伴有剧痛，行走不便，坐立不安，疼痛在48小时之内最剧烈，数天之后疼痛慢慢的减轻，肿块变软，逐渐的消散。