心脏射频消融术的后遗症有，血管穿刺的并发症，包括局部出血、血肿形成、穿刺部位的感染、气胸、血栓形成、栓塞等。管操作的并发症，包括主动脉瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等。放电消融的并发症，包括房室传导阻滞、心肌梗死等。进行心脏射频消融术以后，还是有一定的复发可能。
射频消融手术之后主要是治疗一些心律失常，特别是房颤时性心动过速，预激综合征等。有可能会导致局部的不舒服，主要与手术有创伤性有一定的关系，需要检查心电图和心脏彩超，了解有没有心脏的病变，这是最主要的。
颈椎消融主要的危害有在手术的过程中器械容易碰到颈髓，会产生神经损伤的症状，比如肢体的麻木，甚至于瘫痪都有可能。另外就是颈椎消融，并不是将间盘摘除，所以日后如果劳力或是接触潮湿寒冷的环境，也有复发的可能性。
射频消融目前已经是心律失常的一线治疗手段，但它是一个手术，会有并发症。射频消融手术的主要并发症是会误伤到传导系统的希氏束，可出现房室传导阻滞，三度房室传导阻滞时如果希氏束不能恢复，要装永久起搏器。最严重的并发症是心脏破裂，这种发生率很低。手术的过程中医生操作手法尽量温柔，导管移动会相对缓慢，如果采用三维重建，并发症的出现率会大大降低。
心脏射频消融术的后遗症包括伤口内出血、伤口疼痛以及结节内细胞坏死后导致吸收热，或者继发细菌感染后形成脓肿。如果有脓肿形成，可能需要穿刺引流，同时也需要抗感染治疗。
肝癌射频消融术后遗症首先就是肝部位好的细胞也会被一并烧死，其次对肝周边部位的细胞也会造成损伤，最后就是射频消融不彻底造成复发。以及穿刺部位疼痛，常见于术后72小时内。
