扁桃体结石多为急性扁桃体炎反复发作导致扁桃体分泌物排出受阻，导致导管阻塞分泌物潴留所致的扁桃体结石，发现扁桃体结石一般并发扁桃体充血肿胀，要想清除结石，首先要注意口腔卫生，应用口腔含漱药物，局部应用口含片，促进结石排出。
扁桃体结石是由扁桃体上隐窝长期阻塞，致使分泌物引流受限引起。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数还是需要通过外来器械，摘除结石。如果张嘴就可以明显看到扁桃体结石，可以使用镊子夹取出来。
治扁桃体结石可能是咽部疾病，给予检查，以明确诊断，给予对症治疗，扁桃体出现结石是由于长期，慢性的扁桃体炎导致的钙化，出现这样的问题还是应该尽早的切除扁桃体。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石，应该注意漱口，尤其是饭前、饭后，在咽腔壁多使用漱口水漱口，有一些小结石可以清理出来。如果结石比较顽固，也可以考虑用筷子或者小汤匙，将扁桃体结石剜出。如果反复出现炎症刺激，还可以去耳鼻喉科进行局部麻醉，将扁桃体周边结石一起切除。如果反复出现症状，没有办法保守治疗，需要将扁桃体切除。