扁桃体结石多为急性扁桃体炎反复发作导致扁桃体分泌物排出受阻，导致导管阻塞分泌物潴留所致的扁桃体结石，发现扁桃体结石一般并发扁桃体充血肿胀，要想清除结石，首先要注意口腔卫生，应用口腔含漱药物，局部应用口含片，促进结石排出。
扁桃体结石是由扁桃体上隐窝长期阻塞，致使分泌物引流受限引起。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数还是需要通过外来器械，摘除结石。如果张嘴就可以明显看到扁桃体结石，可以使用镊子夹取出来。
治扁桃体结石可能是咽部疾病，给予检查，以明确诊断，给予对症治疗，扁桃体出现结石是由于长期，慢性的扁桃体炎导致的钙化，出现这样的问题还是应该尽早的切除扁桃体。
扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的情况下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大，在此提醒各位扁桃体结石患者，扁桃体结石的发病初期是治疗的时间。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。