气管镜既可以用来治疗疾病，也可以用来诊断。如果是大叶性肺炎，就是肺炎实变面积大，或者支气管扩张反复咳浓痰需要做气管镜灌洗肺泡，吸出肺泡及气管中的痰液；支气管异物时需要镜下取异物。
支气管镜是呼吸内科用来诊断的一种常用的方法。
通常需要做支气管镜的情况，有胸部CT提示肺内有肿块或者气管、支气管腔内有占位的情况，需要进一步行支气管镜，明确病灶的性质。可以做支气管镜下的肺活检、支气管刷检，或者是支气管肺泡灌洗液，明确病灶的性质。或者是有不明原因咯血或者有支气管阻塞的表现，局部有肺不张这些情况都需要做支气管镜，进行进一步的检查或者是治疗。
原因不明的咯血或痰中带血。刺激性咳嗽加重，出现局限性肺气肿、阻塞性肺炎或肺不张。突然出现声音嘶哑。支气管、肺部疾病或弥漫性肺部疾病诊断困难时。肺部支气管肿块，纵隔淋巴结肿大。支气管异物等，都会做支气管镜检查。
出现支气管肺炎，肺气不张就需要做支气管镜检查，支气管镜检查也是一种常用的检查手段，如果长时间咳嗽，也需要做一个支气管镜检查，看检查结果吃一些药物来进行调理。
原因不明的气管支气管和肺部的症状，如咯血，持续性严重咳嗽、喘鸣，肺不张，支气管堵塞性疾病，怀疑气管，支气管癌等得做气管镜。摘除下呼吸道良性肿瘤，或做活体组织检查都需要做气管镜。
对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。
