长时间的使用抗结核的药物会产生很大的副作用。有的病人会出现耐药性，在服用的期间，药物失去了效果，就会导致疾病加重，其次会出现尿酸增高，还会出现全身症状，比如头晕、头痛。
最常见的副作用，常表现为胃肠道反应，如恶心，呕吐，或者黄疸，或无反应，听力下降，前庭功能损伤。肾功能损伤：表现为眩晕，共济失调，肾功能指标上升等。出现以上副作用的时候，必须停药。
抗结核类的药物，一般副作用会出现肝损伤，肾损伤，关节痛，转氨酶升高，黄疸升高，头晕嗜睡，头痛乏力，周身不适，视力减退，甲状腺肿大过敏等症状。有很多也会出现胃肠道反应，比如恶心，呕吐，腹胀，腹痛等症状。
常见的抗结核药物的副作用有视力下降，肌肉疼痛，关节疼痛，头晕眩晕，恶心等。肺结核是由结核分枝杆菌引起的慢性传染病，可侵及许多脏器，以肺部结核感染常见。人体感染结核菌后不一定发病，当抵抗力降低或细胞介导的变态反应增高时，才可能引起临床发病。
抗结核的药物对人体的肝肾功能有很大的损害。所以在吃抗结核药物的同时，一定要同时服用保肝药物，并且要定期监测肝肾功能，如果发生了肝肾功能显著的下降，应该立即停药。
主要对肝、肾、胃肠道、神经系统、血液系统以及皮肤造成不同程度的损害，胃肠道反应、肝肾功能异常、溶血反应，甚至可引起急性肝功能衰竭。出现发热、皮疹、皮肤瘙痒，甚至剥脱性皮炎等严重的不良反应。