头孢副作用最常见的是消化道的症状，比如恶心呕吐、腹痛腹泻，食欲不振等情况。也可出现过敏反应出现皮疹、荨麻疹，以及局部的血管炎，严重可出现过敏性休克。也可出现头痛、头晕，癫痫。较少见可引起血液系统疾病，可以出现白细胞减低，血小板减低。除此之外，还可引起血液病，白血病或者骨髓抑制。
头孢其常见的副作用有腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，以及皮疹、嗜酸性白细胞增多等。婴儿在明确有细菌感染时，才可以口服针对该细菌的头孢类抗生素，如没有明确指征，不能滥用。
它的副作用有以下几个方面，首先就是出现过敏反应，轻者表现为皮疹，皮肤瘙痒，也可以表现为荨麻疹样、药疹样改变。重症的可能会出现过敏性休克，孩子可能会出现出冷汗、低血压、意识丧失。
头孢克肟的主要不良反应有消化道反应，例如腹泻，皮肤症状，部分可出现皮疹。还可以导致嗜酸性粒细胞增多，和某些临床检查值异常。严重的不良反应，有休克，过敏性症状，例如呼吸困难，血管性水肿，荨麻疹等。也可引起粒细胞缺乏症，溶血性贫血等，对肾功能有一定的影响。还可引起一些皮肤的病变。
头孢他啶针的副作用可发生皮疹，皮肤瘙痒，药物热，也可出现恶心，腹泻，腹痛等消化道，可出现注射部位轻度静脉炎，或者发生一项或多项肝酶升高及血尿素氮，血肌酐值的轻度升高。
一般情况下，头孢三代抗生素是一种口服的头孢三代抗生素。有用药的宝宝可以放心服用，但也有一些不良的症状，比如肠胃的反应，有些小孩服用后会出现恶心呕吐甚至拉肚子等症状。一些儿童比较容易发生皮肤瘙痒、咳嗽加重等症状，服用了头孢克肟后要马上停止使用。如果使用了长时间的头孢克肟，尤其是儿童有痢疾，很可能会引起肠道菌群失调，引起二次感染，从而加重痢疾等情况，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
