服用复方玄驹胶囊不良反应较少，一些服用后会出现恶心、呕吐、胃胀、胃脘灼热感等胃肠道不适、头晕及皮肤过敏等副作用，胃肠道不适，可以通过饭后服用或者减量服用以减轻副作用的发生。
复方玄驹胶囊主要作用：温肾、壮阳、益精。用于肾阳虚，症见神疲乏力、精神不振、腰膝酸软、少腹阴器发凉，精冷滑泄、肢冷尿频、性欲低下、功能性阳痿，可用于女性不育，性冷淡，月经不调等。
主要是治疗月经不调和宫寒，还有内分泌失调，也有温肾，壮阳，益精，祛风湿。也用于肾阳虚，可用于改善类风湿关节炎肾阳不足，风寒痹阻证引起的关节疼痛、肿胀症状、神疲乏力，精神不振、腰膝酸软，少腹阴器发凉，精冷滑泄，肢冷尿频，性欲低下，功能性勃起功能障碍等。
出现尿频尿急尿痛等一系列症状多考虑是泌尿道感染、前列腺增生或者是前列腺增生所造成的，但是不能盲目的使用这种中成药，因为有可能会加重症状，所以还是应该去正规公立医院挂泌尿外科门诊，先检查尿常规以及泌尿系B超来判断原因，然后根据医生的要求来吃药物治疗，切不可自己盲目用药。
复方玄驹胶囊，在临床应用中比较广泛，因为它含有的中药成分，所以对人体的补益和治疗比较好。复方玄驹胶囊可以温肾壮阳，益精祛风湿，主要用于治疗男性的性方面的疾病，还有治疗风湿、类风湿等引起的关节疼痛，效果还是比较理想。
吃复方玄驹胶囊是可以要孩子的，复方玄驹胶囊属于补肾类的中药，对于男女都可以使用，适合于肾阳虚的，复方玄驹胶囊的主要成分是玄驹，枸杞子和淫羊藿及蛇床子，这些中药成分都不影响怀孕，怀孕后也没有大的影响。