任何侵入性的检查都是有风险的，但有时为了明确诊断，进行侵入性的检查是有必要的，支气管镜好处在于它可以活检，取一点气管的细胞出来，在显微镜下看到底有什么病，这样就可以确诊，所以危害不大的。
支气管镜肺泡灌洗的危害包括麻醉过敏，支气管痉挛，严重会导致休克等。
支气管肺灌洗的危害有麻醉药物过敏，主要表现为胸闷、心悸等，严重时呼吸抑制，心脏骤停。麻醉不充分，操作不当时可引起喉头水肿与喉支气管痉挛。支气管镜可损伤鼻黏膜及支气管黏膜，从而导致出血。灌洗的过程中，患者频繁的咳嗽，不能保证正常深呼吸或空抽及负压吸引时间过长，可导致低氧血症。合并有肺气肿、肺大疱及广泛胸膜粘连的患者在行该检查时有发生继发性气胸的风险。支气管肺泡灌洗过程中的刺激可导致心律失常，血压升高，甚至休克等。
建议患者在医生的指导下进行支气管镜肺泡灌洗。日常注意口腔卫生，多喝水，保持良好的作息习惯，饮食清淡。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
费用在400到500元之间，大概时间在30分钟以内，如果仅做普通支气管镜检测，做肺泡灌洗，黏膜活检术或者做经支气管镜肺活检术，经支气管镜淋巴结活检术，甚至做经超声支气管镜淋巴结活检术等。
做支气管镜可能引起检查部位出血，疼痛的症状。
支气管镜的检查是用来排除支气管内病变的问题，如果支气管镜检查出现不适的话，表现比较轻微，大多数不需要进行处理。只要平时多喝水注意休息，如果感觉到刺激，而且导致疼痛不适或者是食欲下降，出现鼻咽喉部不适、疼痛、声嘶、发热、痰中带血的情况。
建议及时的到医院去检查，有必要的话可以进行药物治疗。气管镜检查后注意事项：1．检查后两小时后先适量饮水，如无呛咳方可进食；2．应尽量避免用力咳嗽，以免引起刷检或活检部位的出血；3．检查后如咳血量多等不适，应及时向医护人员反映。
