对一些症状比较轻的病人，非手术疗法仍然是主要的治疗方法。瘤体较大或症状重者手术治疗。对早期疾病采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。
肛乳头瘤治疗最快方法是手术治疗，可以采取微创手术，可以做肠镜手术，手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。
肛乳头瘤治疗方法：肛乳头瘤主要表现为平时感到肛门内有异物感，随着乳头增生肥大，排便时乳头可脱出肛门外。药物治疗无效，局部炎症不减轻，反复发作者，可考虑手术治疗。肛乳头切除术：小的肛乳头可直接切除，乳头大的则需要用线结扎基底部后切除。
如肛乳头较大，一般主张手术治疗，与肛裂一齐处理。坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。使用药物涂以乳头上，可以治疗。平时要注意休息，多喝热水。
肛乳头瘤如果没有什么明显的症状，只是在做肠镜的时候发现比较小的肛乳头。是不需要什么处理的，密切观察就行。但是如果肛乳头瘤比较多，或者体积比较大，甚至在排便的时候，肛乳头会脱出到肛门外面，有明显的不适感，可以考虑手术切除。
坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。每日1～2次，可减轻症状。手术疗法。肛乳头瘤切除结扎术：侧卧位，肛镜下用弯钳夹住乳头瘤根部，沿血管钳基部，剪开少许乳头根部皮肤，乳头瘤较小可以行单纯结扎术，剪去血管钳上的乳头瘤。术后每日热水坐浴。电灼法：在肛门镜下暴露出肛乳头瘤，用高频电灼探头按压在瘤体根部，开通电源，将乳头瘤彻底烧灼之。术后每日用痔疮膏或栓剂纳入肛门内。