治疗肛乳头瘤要选择切除缝合术，疗效确切，治好率达98%以上。对于较大的肛乳头瘤，单纯结扎因乳头瘤组织坚韧而无法扎紧，易致术后出血及复发，此时可用肛乳头瘤切除缝合术，对过大的切口给予缝合，既可闭合伤口又能止血。手术操作简便，易于广泛开展。
肛乳头瘤治疗期为一周。在平时保持大便的通畅，并适当的多食一些含有纤维素的食物，以预防便秘，缓解肛门部位包块及痔疮的情况，若出现肛门部位疼痛加重时，可以选择手术治疗。
外痔可表现为疼痛等，如诊断为外痔可应用1：5000溶液坐浴，外涂痔疮膏，服用等治疗，保守治疗效果不佳者可进行手术治疗，肛乳头瘤保守治疗效果不佳，建议手术治疗为宜，平时忌酒辛辣刺激性食物，保持大便通畅，避免久坐。
肛乳头瘤其实质就是由于肛乳头反复的炎症刺激导致肛乳头肥大，增生形成的。对于肛乳头瘤如果不手术，是不可以的。肛乳头肥大增生后，它是不可能自行收缩回原样的。就算是用药物来治疗，也只是控制肛乳头瘤引起的症状，对肛乳头瘤还是不能达到很好的治疗效果。
治疗可以采取微创手术，可以做肠镜手术，一般手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。同时要注意休息，劳逸结合，要注意饮食合理。
肛乳头瘤为良性肿瘤，有趋向恶变的可能，要及早治疗。中西医结合治疗，是较常采用的方法，中医采用结扎方法治疗，结合使用中药，通过人体整体的调整，充分调动人体内在的因素，而达到治疗的目的。西医是进行手术治疗，微创治疗肛乳头瘤。如果将二者充分的结合起来，互为应用，对疾病的治疗和预防，将起着积极的作用。