乳腺囊肿是不可以自愈的，可以定期观察治疗，还可以用药物来调节下，平时应该保持心情愉快，多休息不能劳累，不要使用激素化装品，不吃刺激性食物，性生活要和谐等都是有很好的帮助的。
多数乳腺囊肿无需手术治疗，临床以随诊观察为主。此外，部分恶性肿瘤，如乳腺黏液癌以囊肿为主要表现，因此乳腺囊肿如出现囊壁增厚、囊壁赘生物等表现，可考虑切除，活检以明确诊断。需行切除时，应注意完整切除乳腺囊肿。如为恶性病变，应按照乳腺癌原则治疗。
乳腺囊肿有一定自限性，生长到一定程度就不再长了，囊肿也就是囊性增生，随着年龄增长，激素水平变化，增生也会减轻，囊肿不会自行消失的，注意观察有无症状变化，并且择期再行超声复诊复查，复查的时候找正规的大一点的医院。
乳腺囊肿的大小、数量、类型、患者自身情况等因素决定了是否能够自行愈合。
乳房囊肿是多个小囊肿还是单一大囊肿，都是良性的。大部分的囊肿都可以不治疗，只要有规律的进行检查。部分囊肿会在3~6个月内消失。但也有一些特殊的情形：囊肿超过2cm或更大；乳房囊肿反复发炎或不断扩大；乳房较大且无法长时间消除的乳房囊肿；乳房囊肿病的定性不能确定；穿刺吸出的乳汁为血液的乳房囊肿；囊肿有实质的成份。上述的症状可以做外科治疗。
乳腺囊肿可能会自愈，具体情况和自身的体质、病情有一定的关系。
乳腺囊肿主要是由于乳腺增生、乳腺炎、乳汁不畅等引起的，乳房会出现疼痛、肿胀、乳房内有肿块等现象，如果乳腺囊肿的体积不大，而且患者体质较好，乳汁不畅通，可以保持良好的心态，穿宽松的全棉内衣，这样可以使乳腺囊肿自行愈合。
但如果乳腺囊肿的面积较大，或者是体质不佳，那么乳腺囊肿是不会自行愈合的。