乳腺囊肿分为单纯囊肿及积乳囊肿，两者都是良性病变。单纯囊肿在乳腺囊肿中最为多见，主要是由于内分泌紊乱，引起导管上皮增生，致使导管延伸、迂曲、折叠，折叠处管壁因缺血而发生坏死，形成囊肿。对于一般囊肿无需特殊治疗，注意观察。也可服用中药或中成药，调节内分泌。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
可能需要看肝囊肿的大小，如果肝囊肿比较小，可以不治疗，继续观察。如果肝囊肿比较大的，出现肝区不适肝功能异常的。可能需要手术切除肝脏囊肿。需要看心理医生，做好心理开导，不要紧张焦虑。
定期做检查。可以3到6个月做一次B超检查，看看暖巢囊肿是否长大，或者有没有其他的变化。只要增长，大小没有变化，可定期检查。无需用药治疗。如增长过快，伴随腹部疼痛不适等症状，可考虑手术治疗。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
良性宫颈囊肿，散在的比较小的一般不需治疗，只要每年检查即可。比较大或是密集的，可以选择高效药物抗炎的同时，运用妇科微米波、纳米波、体外短波、宫颈光谱、红光治疗仪等物理疗法，以及在宫颈处直接上药等方法治疗。
