肛门囊肿也就是临床上常说的肛周脓肿。对于表浅的脓肿，可以选择口服抗凝药物，一般常用的广普的抗凝药物。对于范围相对较大的脓肿还需要联合用药，可以选择氨基糖苷类抗生素，以及抗厌氧菌的药物。
囊肿禁忌辛辣刺激性食物，戒烟戒酒，对于囊肿需要根据不同的发病部位来积极的治疗的，如果大脑囊肿，还是需要积极的手术治疗的，如果肝脏的囊肿一般定期观察，如果是手部的囊肿，一般可以手术切除。
肛周囊肿病人在饮食上应注意：1、禁忌辛辣刺激性食物，如辣椒、葱、姜、大蒜等，需要戒酒，这些辛辣食物可刺激局部发炎，加重肛周脓肿的病情。2、饮食宜清淡，适当多吃富含纤维食物，多喝水，保持大便畅通。3、禁忌油腻、油炸、腌制、烧烤等易上火的食物，以免加重病情。4、多吃新鲜蔬菜和水果，如香蕉有通便润肠的作用。5、养成良好的生活习惯，饮食习惯，作息规律，保证充足睡眠，保持平和心态，避免过喜过悲。
附件区的囊肿可能是生理性的，1-3个月经周期之内，囊肿通常就会自行的消失，所以不需要用药，可以使用彩超定期观察即可。如果附件区的囊肿持续存在的时间超过三个月，患者首先检查肿瘤标志物，如果肿瘤标志物没有因此，可以使用桂枝茯苓丸、散结镇痛胶囊等中药来治疗，如果中药治疗效果不好，患者需要则选择手术治疗来治疗。
一般情况下，足背腱鞘囊肿初期可以使用扶他林软膏、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、大七分胶囊等，都能起到抗炎症、活血化淤、通经活络的效果，对治疗囊肿的患者也能起到一定的缓解效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。还可以结合其它疗法，比如红外辐射、微波、小针刀等，如果不能有效地缓解关节的活动和疼痛，可以通过外科手术将肌腱鞘囊肿完全切除，有较好的治疗效果。
