贲门癌中晚期患者的治疗方案，可以以手术为主的综合治疗：如患者进食无障碍，在保证其营养充足的前提下，可进行术前的新辅助治疗，包括术前放疗、术前化疗等，控制肿瘤，使其缩小至手术可切除的范围之内，进而进行手术治疗；也可以营养治疗：如患者病情已发展至晚期，可进行胃造瘘或空肠造瘘的治疗，以保证患者的营养摄入。
治疗方案有两种第一以手术为主的综合治疗，如患者进食无障碍，在保证其营养充足的前提下，可进行术前的新辅助治疗，包括术前放疗、术前化疗等，控制肿瘤，使其缩小至手术可切除的范围之内，进而进行手术治疗，第二营养治疗，如患者病情已发展至晚期，可进行胃造瘘或空肠造瘘的治疗，以保证患者的营养摄入。
首选手术治疗，及时进行手术切除，术后配合中医巩固治疗，清除残留癌细胞，防止复发转移，能大大提高手术效果。对已经不能手术的病人，可以中医单独治疗，有效控制癌细胞继续转移扩散，稳定病情，减轻各种临床症状，提高病人生活质量，延长生命。
贲门癌晚期随着病情的进展，临床表现多种多样。由于贲门属于胃入口，该区域发生病变，可以引起梗阻，严重时出现不能进食、进水，在临床上贲门癌晚期多以消耗为主要表现，出现恶病质，常处于饥饿的状态。肿瘤穿透可引起穿孔、破溃引起大出血，甚至死亡。
贲门癌化疗是常见控制手段，但化疗药物多是毒细胞药物，随着治疗的进行，可能会出现恶心呕吐、疼痛、乏力等不良症状表现，所以临床上常会在化疗的基础上辅以单体中药的使用，达到增效减毒的目的。