囊肿与肿瘤的区别是肿瘤有良性肿瘤，有恶性肿瘤，但是囊肿不管是什么类型的囊肿，都是属于肿瘤的范畴。只不过囊肿大部分是属于良性肿瘤类的，但是也有很少囊肿属于恶性肿瘤，这两者是相互交叉。
囊肿属于良性的，而且这个囊肿不会影响身体，也不会出现转移，对身体没有什么太大的影响，但是肿瘤属于癌症，肿瘤目前分为两种类型，分别是良性和恶性，用一句简单的话来说良性肿瘤的生长速度慢一些，恶性肿瘤生长的速度则快一些，恶性肿瘤对身体的伤害会大很多，甚至威胁到性命。
肝囊肿通常是无症状的。当囊肿生长到一定程度时，可压迫胃肠道，引起腹部不适、胀大等症状；还可出现囊肿继发细菌感染和腹痛，发热。而肝肿瘤，又分为良性肿瘤和恶性肿瘤，肝脏恶性肿瘤占的比例比较大。肝囊肿需要定期随诊就可以了，定期复查彩超。
肿瘤分为良性肿瘤和恶性肿瘤，是一个很宽泛的概念；而囊肿只是其中的一小部分；良性的囊肿是有缩小的可能，但一般这种较少发生；因为一旦出现囊肿，刺激囊肿出现的因素会经常存在，所以能缩小的情况有，但很少有消失的。
囊肿和肿瘤这两种名词实际上无所谓区别，之间相互有交叉，肿瘤有良性肿瘤，有恶性肿瘤，但是囊肿不管是什么类型的囊肿，都是属于肿瘤的范畴。不过囊肿绝大部分是属于良性肿瘤类的，但是也有极少数囊肿属于恶性肿瘤，所以这两者是相互交叉，没有区别。
如果没有病理的定性，一般在CT片或者磁共振片上判断是囊肿和肿瘤，在影像表现上像一个囊就是囊肿，在影像学表现上像一个实质的肿块就是肿瘤，也有部分恶性肿瘤长得像囊，定性需要病理学的确诊。