如果是良性的，手术以后就能治愈，不会影响正常的寿命。如果是恶性的，大多都容易复发，不能切除者生存期大约在9~12个月左右，原发灶切除彻底无转移病灶者最长可存活5年左右。
间质瘤主要在胃和肠道发生的比较多，一般间质瘤有可能生存很长时间，但是也要看治疗的情况以及手术之后的病理情况。如果是相对比较早期或者是低危险度的间质瘤，单纯做手术根治性切除就可以。
5年左右。胃肠道间质瘤化疗效果不是很好，又容易复发，平均寿命大概19个月左右。对于晚期复发转移的间质瘤患者，现在伊马替尼的出现，2002年以后，靶向治疗成为了金标准，效果得到明显的改善，现在平均寿命是59个月，5年左右。
胃肠道间质瘤预期生存时间存在个体差异，与其恶性程度、生长部位、治疗方法、治疗效果有关。肿瘤发生在胃、食道者，治疗效果较好，10年生存率能够达到70%以上；肿瘤发生在小肠部位，治疗效果较差，10年生存率仅为17%左右。
胃间质瘤体积较大，恶性特征表现明显。易转移到肝脏，如发展到全身，难以通过局部治疗进行治愈，恶性程度高，可缩短患者寿命。胃间质瘤患者的生存时间无法预估，存在一定个体差异。部分患者可以生存若干年，甚至通过综合治疗治好，不影响预期寿命。
