如果囊肿发生在骶管之内，而且比较小，可以进行定期的复查，一般三个月检查一次。如果没有明显的变化，不需要处理。如果有增大以及对周围的马尾神经产生挤压，要进行手术切除的治疗。如果骶尾部囊肿发生在椎管之外，只要不对周围的组织产生影响，可以不需要治疗，也可以三个月复查一次。如果出现明显的挤压，出现了疼痛以及活动不利的相关表现，要进行手术切除。
骶尾部囊肿一般较多见于老年人或者是长期卧床的病人，这是因为骶尾部的皮肤薄，长期卧床或者是老年人骶尾部长期受压而出现囊肿。对于轻度的骶尾部囊肿，一般可以采取保守治疗措施进行治疗。保守治疗措施一般包括勤翻身，避免骶尾部长期受压或者是在骶尾部垫一个中空的圆圈，尽量减少骶尾部与床面的直接接触，定期的进行骶尾部的消毒治疗，如进行酒精擦浴或者是局部涂抹活血化瘀的药物红花油或者正骨水等。
通过脊柱的磁共振可以做出诊断，在治疗上主要以手术治疗为主，骶尾部的疼痛，会阴部的烧灼感，麻木，大小便障碍的则可以通过手术切除囊肿。没有临床症状的可以随访观察。
胰腺尾部囊肿是严重的，患有这种病的病人可出现腹痛、消化系统症状、腹部包块等临床表现，因为胰腺实质的病变，可出现胰腺内外分泌功能不全，如果假性囊肿伸展至左腹股沟、阴囊或直肠子宫隐窝等处，可出现直肠及子宫受压症状。
骶管囊肿不会自行消失，大部分骶管囊肿者在长时间的久站久坐之后，症状会有所加重，在平躺休息，俯卧位休息之后能够得到暂时性的缓解，但是骶管囊肿是难以彻底自愈的。
不需要手术，手术的损伤大于囊肿本身，定期3-6个月检查一次B超就可以，不需要用药。因为做手术的损伤将会大于囊肿本身对自己的损伤，只要自己定期3-6个月检查一次，并每次做B超检查就可以了，不需要用药来进行治疗。