新生儿脑部囊肿如果比较小，是不需要采取治疗的。家长千万不要没事就用手挤捏按压，否则会容易刺激囊肿增长过快，还容易引起炎症感染。如果囊肿增长比较快，就应该带孩子到医院就诊检查，选择合适的时机采取手术治疗。
囊肿增大的时候，可以出现脑局部的组织受压所表现出来的一些功能缺失，比如乏力、感觉障碍，囊肿比较大已经形成压迫症状，或者是一个颅内高压表现或者出现癫痫的状态，进行囊肿的手术干预，比如囊肿的造瘘术或者囊肿的低压分流手术。
不要用手去接触囊肿的地方，用洁净的纱布把它包好盖住。这种病一般只有通过手术才能治疗好，所以要赶紧把新生儿送到附近的医去治疗，当医生给新生儿做完手术后，家长要按照医生的要求去办，例如怎样吃药，如何去预防。还要做好新生儿肛门周围的清洁工作，在囊肿的病好了之后，要养成每天都给新生儿清洗的好习惯，尽量时刻保持屁股周围干爽。新生儿还会经常尿尿拉屎，还要经常换洗尿布。
脑部蛛网膜囊肿是由于脑部感染所引起的，要做脑积液检查和脑部CT检查，明确确诊，应当及早服用抗生素进行治疗。平时出现细菌病毒感染时要及早治疗，以防止细菌病毒通过血液进入大脑形成囊肿。
要看一下现在到底是会有什么危害，要注意监测，因为本身来说如果是胎儿的话，尽可能的不会进行处理的，因为如果要进行处理的话，那么对各方面的条件要求也比较高，甚至是无法实行，那么要看一下胎儿的整体状况，家长要放宽心态，积极的配合医生进行治疗。先观察观察再做决定。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。