囊肿比较大的需要手术治疗，做手术的时候必须将包膜完整的切除，否则容易导致复发。手术后需要口服药物或者打针进行消炎，半个月后可以拆线。一定要注意休息，不要劳累，注意合理的饮食。
巧克力囊肿术后要打针，因为巧克力囊肿手术过程中一个很重要的步骤就是保护卵巢的功能，所以巧克力囊肿手术一般不会做的太好。所以术后巧克力囊肿复发的可能性比较大，为了巩固手术之后的效果，避免巧克力囊肿过早的复发影响受孕，通常都是需要打针的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，要打针的，经常使用的药物有亮丙瑞林，至少要打三针，患者也可以尽早怀孕避免复发。注意休息，不要熬夜，避免劳累，保持心情轻松愉悦，以清淡饮食为主，忌生冷辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿术后一定要打针，巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发。注意休息，不要熬夜，避免劳累，保持心情轻松愉悦，以清淡饮食为主，忌生冷辛辣刺激性食物。可以适当的锻炼身体，提高自身的免疫功能。
对于有巧克力囊肿的女性，往往需要考虑行腹腔镜手术将囊肿剥离。而在巧克力囊肿手术后，为了预防巧囊再次复发，所以就需要打针。从而使体内异位的内膜完全萎缩坏死。通常需要打针半年左右。