青蒿素有抗疟疾的作用。该疾病主要有蚊虫叮咬而传播，患病后会出现可冷、可热、肝脾肿大、出大汗等症状。青蒿素在体内转化成自由基，然后与疟原蛋白结合后线粒体破裂，疟原虫细胞结构遭到破坏后死亡。
青蒿素治疗红斑狼疮，目前还处于临床实验阶段，还有很多问题需要解决，现在不能作为治疗红斑狼疮的替代药物。有关青蒿素的疗效、副作用、治疗的效果、病情的控制稳定程度、复发的几率等都还需要大量的临床实验佐证。现在青蒿素治疗红斑狼疮是否由于羟氯喹或者其他药物，希望有一天青蒿素能替代其他药物治疗红斑狼疮，这将是红斑狼疮治疗史上的一个里程碑。
青蒿素可以用于治疗系统性红斑狼疮与盘状红斑狼疮。红斑狼疮属于结缔组织疾病，应该先到风湿免疫科做免疫系统的全面检查，看看类型，然后才能选择合适的药物对症治疗。
双氢青蒿素是一种强力杀菌的药物，对于初发期的红斑狼疮病人有着一定的治疗效果。但是红斑狼疮的病因有很多，每个红斑狼疮病人的病情也不一样，所以未必每个红斑狼疮病人都可以使用双氢青蒿素治好。因此得了红斑狼疮以后，不要私自用药。
青蒿素对红斑狼疮引起的皮肤损害，如盘状红斑治疗的有效率超过90%、对系统性红斑狼疮治疗的有效率超过80%。但仍然难以治好，因为红斑狼疮是一种自身免疫系统的结缔组织疾病或者是一种异质性的疾病，每个人的表现都不一样，许多病人经过有效地治疗诱导使疾病缓解，并巩固维持，可以达到临床上的治疗效果，但这并非所谓的治好。
