直肠囊肿的症状主要是疼痛，最初为胀痛、化脓时跳痛、排便时疼痛加重，脓肿在肛门前方可发生尿潴留，脓肿在肛门后方出现尾骶部疼痛。全身中毒症状轻，局部肿胀，发红、压痛、有波动感。
会出现腹泻大便疼痛以及排便受阻症状，还会出现肛周胀、发红、灼痛、跳痛、压痛、坐卧不安，活动和排便时痛加重，有排尿困难等。如果囊肿比较大，可以梗阻直肠，导致排便困难，便秘，大便的形状会发生一些改变。
直肠囊肿病人早期出现一些肛门刺激的症状，会出现腹泻大便疼痛以及排便受阻，有些病人还会出现肛周疼痛的症状，如果囊肿比较大，可以梗阻直肠，导致排便困难，便秘，大便的形状会发生一些改变。
骨囊肿的临床症状很少见，往往是很久以前就有了，病人没有注意到。骨囊肿在发生病理性骨折后，常会出现局部疼痛、运动受限等症状。骨囊肿是一种类似骨肿瘤的变化，但大多是良性的，多见于儿童和青少年，最常见的是长管骨。骨囊肿的局部疼痛是可以早期发现的。在皮肤表面，也有凸出的肿瘤或者骨头。x光显示，中央为椭圆状透亮区，与正常骨有较大的分界。骨囊肿要进行手术切除，彻底根治，同时还要进行适当的治疗和运动。
一般情况下，包皮囊肿有以下症状：
包皮囊肿可能会出现阴茎头部、包皮部位红肿、疼痛、瘙痒等症状，有的还会引起溃烂、溃烂，并有大量的黄色分泌物，具有特别的恶臭。在病情较重的时候，可能会发生龟头的坏死。有些患者在包皮囊肿的急性期会有包皮粘连，导致排尿困难，排尿疼痛，长期的囊肿会导致包皮和阴茎头增粗，从而形成白斑。
通常来说，附睾囊肿会有附睾轻度疼痛、阴囊下垂、睾丸或附睾圆形肿块等症状表现，具体分析如下：
1、附睾轻度疼痛：如果有轻微的疼痛，通常感觉不到。
2、阴囊下垂：阴囊自然下坠，会有坠入的感觉，会影响到正常的生活。
3、睾丸或附睾圆形肿块：表面光滑，无压痛，囊性感，与周边组织有清晰的边界，无粘连。
患者不必担心，放松心情，正常工作和生活即可。对于附睾囊肿引起并发症的患者，则会严重影响正常的工作和生活。