任何一个实验在诊断肿瘤的时候都是一种辅助的实验，所以肿瘤标志物也不是100%的能够诊断肿瘤，也存在很多的不足之。肿瘤标志物的灵敏度并不是固定的，该灵敏度取决于肿瘤的类型、组织结构、组织学分级、肿瘤分化、肿瘤分期等。大部分的肿瘤标志物并非恶性肿瘤所特有的，所以并不是说肿瘤标志物增高就一定是恶性肿瘤。
肿瘤标志物高可能是癌症。肿瘤标志物是指在肿瘤发生和增殖的过程中，由肿瘤细胞合成、释放或者是机体对肿瘤细胞反应而产生的一类物质，当机体发生肿瘤时，血液、细胞、组织或体液中的某些肿瘤标记物就可能会相应的升高。
不是所有的恶性肿瘤，肿瘤标志物指标都会升高。例如原发性肝癌在检测甲胎蛋白时，大部分人都会升高，但原发性胆管细胞型肝癌患者检测甲胎蛋白时，只有少量人的会升高，这跟肿瘤标志物的是否灵敏有关。
肿瘤标志物敏感性和特异性都应该是100％，一旦增高就可以确诊患了恶性肿瘤。但事实上，肿瘤标志物增高除与恶性肿瘤的发生有关外，一些部位的炎症，肠道息肉、炎性增生，皮肤疾病如银屑病、胆汁瘀积、肝肾功能不良等，均可导致一些肿瘤标志物的小幅度增高，即“假阳性”表现。
呈阳性不一定就是肿瘤，是一种提示和信号，检测者属于高危人群。肿瘤标志物检测呈阴性不一定就能排除肿瘤。肿瘤标志物检测结果阴性但有肿瘤警告信号者仍需做进一步的防癌检查。不要有心理负担，听从指导做相应的检查。
乳腺癌病人肿瘤标志物高说明了乳腺癌的病症非常的严重，因为乳腺癌在出现的时候，身体内也会产生一些抗体，这些抗体或者是抗原过多的话，则说明乳腺癌已经非常的严重，此时必须通过一些手术来进行治疗，并且在手术之后还应该通过一些放疗或者是化疗的方式来进行治疗。