可采用中医治疗，用以抑制上皮细胞的继续分泌，如果西医的话，可以采取手术治疗，手术后很短时间内消除囊肿，但是囊肿还会反复。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。一旦一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。
肾脏囊肿主要是根据囊肿的大小、部位、密度等来选择不同的治疗方法。肾脏囊肿大于四厘米，也有腰部胀痛等临床症状，可以选择微创手术来进行治疗，常见的微创手术是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术。手术是在腰腹部打三个孔，然后使用显示器、操作杆，分别游离肾脏，找到肾脏囊肿，然后将肾囊肿切开，将囊肿里面的液体引流出来，可以改善肾囊肿导致的不适症状。
肾上囊肿是肾脏常见的良性肿瘤。可以手术治疗。多休息，不要熬夜，不能饮酒，不能操劳过度。饮食上以清淡为主，不能吃辛辣的东西。适当进行有氧运动，注意劳逸结合，要多喝水。
肾囊肿多是单纯性，一般也没有症状，因此往往不需要治疗，可以观察为主，若不放心，则定期复查即可。如果囊肿足够大，比如数厘米以上，或者伴有明显症状者，也可以考虑手术治疗，主要是在彩超定位下，注入无水酒精，或者抽取囊内积液。
可以考虑定期观察，防止恶变.如果囊肿较大，可以考虑传统手术，开刀切囊肿的方法。也就是对囊肿开窗引流治疗或剥离治疗，也可以选择腹腔镜下切囊肿，切口比较小，但是花费相对多一些，还可以选择中医保守治疗。
肾上的囊肿有先天性和后天性的，对于小的囊肿，可以暂时不用治疗，但是要定期复查小便常规、肾功能、肾脏彩超，观察囊肿有没有继续变大，如果囊肿直径超过四厘米其他没什么，可以做穿刺治疗，以后复查观察其大小变化。
