囊肿是良性的，在治疗方面就是做手术切除，可不必用药。如囊肿比较小，也没有什么感觉，可以不做治疗，观察就可以。再不要喝酒吃一些辛辣性的食物了，这样只能够加重毛囊的感染。更加严重，这样治疗起来也比较的麻烦。如果是下个囊肿比较严重的话，是可以通过一些手术来进行治疗。
如果腋下有囊肿，患者需要超声波来确定囊肿的性质，平时不要触摸、按压刺激，因为触摸按压刺激会加速囊肿的生长、疼痛，注意观察，如果有持续生长，或者疼痛更明显，患者可以去医院手术选择手术切除，病理切除，囊肿一般是良性的。
如果是单纯的皮下囊肿，没有合并感染。而且囊肿比较小，没有影响功能活动，可以暂时不进行治疗，如果增长比较快，可以进行手术治疗，如果皮下囊肿合并有感染，而且囊肿比较大，可以进行抗炎治疗，然后再进行手术切除。
牙齿根部的囊肿可以手术消除。如果没有任何的临床症状出现，不需要做特殊的处理定期的去医院观察就可以了。相反有症状出现，去医院选择手术把它切除。正常的恢复可能需要两到四周的时间。
如果囊肿很小并且没有不舒服的症状，可以定期复查，无需特殊治疗。如果囊肿很大，需要手术治疗。去医院的五个科室进行治疗，完善术前检查，然后进行手术治疗。需要避免感冒，不吸烟或喝酒，多喝开水，保证充足的睡眠，避免疲劳，积极配合医生的治疗等。在治疗期间，可以吃更多易消化的液体食物，以鼓励病人少量多吃。