如果腋下有囊肿，患者需要超声波来确定囊肿的性质，平时不要触摸、按压刺激，因为触摸按压刺激会加速囊肿的生长、疼痛，注意观察，如果有持续生长，或者疼痛更明显，患者可以去医院手术选择手术切除，病理切除，囊肿一般是良性的。
如果是单纯的皮下囊肿，没有合并感染。而且囊肿比较小，没有影响功能活动，可以暂时不进行治疗，如果增长比较快，可以进行手术治疗，如果皮下囊肿合并有感染，而且囊肿比较大，可以进行抗炎治疗，然后再进行手术切除。
皮下囊肿为良性的属于外科疾病。如果囊肿较小，可以定期复查的，如果要除根需要行手术切除的治疗。避免刺激，越刺激长的越快，要在感染前外科手术治疗。在感染前进行手术治疗将囊肿可以完整的剥离出来，如果囊肿表面已经有波动感说明已经合并了感染，手术不易剥离完全，残留的囊肿壁可以复发的。
牙齿根部的囊肿可以手术消除。如果没有任何的临床症状出现，不需要做特殊的处理定期的去医院观察就可以了。相反有症状出现，去医院选择手术把它切除。正常的恢复可能需要两到四周的时间。
皮脂腺囊肿需要进行手术消除，因为皮脂腺囊肿有包膜形成，所以通过挤压的方法，不能清除包膜，容易复发。由于清洁不够等原因导致出口阻塞，皮脂腺分泌的皮脂无法排出，时间久了以后形成囊肿。