对于治疗主要是手术完整的刮除方法。多采用口内入路，局部麻醉，同时将囊肿完整的剥离。同时，如果病牙没有保留价值，可以同时拔出。如果能保留，应该同时做根管治疗，并切除根尖，做到充填。
根尖周囊肿需要手术，具体内容分析如下：
根尖周囊肿是颌骨内常见的牙源性囊肿，常与死髓牙相连，有叩击痛，平均直径1-2mm，一般需要手术。当它变大时，下颚会膨胀。首先要对死髓牙进行处理。去除坏死牙髓、消毒根管后，完成根管充填。在患牙颊侧根尖处的牙龈上做一个T形切口，翻瓣，暴露牙槽骨表面，用球钻缓慢研磨牙槽骨，暴露囊肿，完全切除，用刮匙刮除周围肉芽组织和病变牙槽骨，必要时切除部分根尖，缝合伤口。
根尖周囊肿的发病原因就是根尖周炎，根尖周炎的根部的慢性炎症，没有得到及时有效的治疗，是引起根尖囊肿最主要的一个病因。有些人的咬合创伤也会导致根尖囊肿。咬合创伤就是平时所说的咬合过紧，经常可以看到很多病人的下颌前牙的根尖区，经常会出现囊性病变。还有外伤，牙齿外伤以后，牙齿牙髓的坏死也会导致根尖囊肿。还有就是多生牙，很多人发现不了。
正常情况是不会死的。根尖周囊肿对牙齿的危害性还是很大的，早期没有什么明显的症状，所以不容易被发现，但是长期不治疗，会慢慢地出现疼痛感，还可能会肿胀，这种时候病情已经严重了，如果还不进行及时的治疗淡化，可能会造成更大的危害。
牙齿根部的囊肿可以手术消除。如果没有任何的临床症状出现，不需要做特殊的处理定期的去医院观察就可以了。相反有症状出现，去医院选择手术把它切除。正常的恢复可能需要两到四周的时间。