卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
卵巢囊肿应肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。包块大于4-5cm，无法排除恶变的情况下，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。包块在2-3cm、生理性囊肿、生长缓慢者，定期观察即可。
有药物疗法。使用药物会有一定的效果，但不能从根本上治疗囊肿，一般都会在治好后一段时间后继续复发。还有就是物理疗法。而物理疗法会影响生育，也很难直达病灶彻底有效的治疗，无形之中留下复发的隐患。最后就是通过做腔镜微创手术来进行治疗。这种方法比较好，可在先进技术设备的帮助下，能直达病变的部位进行治疗，无痛苦，见效快，而且能一次性彻底治疗。
患者卵巢囊肿主要采取手术切除的方式治疗，手术可以的切除囊肿，防止卵巢囊肿出现恶化、卵巢囊肿已经出现了癌变、需要在手术之后再采取化学治疗、放射治疗的方式。中医中药从整体观入手，对机体的气血，经络，脏腑功能进行全面调理。
卵巢囊肿是女性比较常见的疾病就是组织液排出不通畅，卵巢里面有发生炎症病变损害，但是有极少数的卵巢囊肿会诱发肿瘤疾病的高发。像这种混合性的卵巢囊肿配合一些活血散结的药物。