一般都是肿瘤的切片检查才可以确定，影像学检查是不能够确诊的，因为影像学只是形态上的观察。再就是如果其他地方也有肿瘤，就可以考虑是恶性肿瘤转移。需要手术治疗的。单靠药物治疗没有办法解决，而且可能会加重病情。
良性肿瘤生长缓慢，可以在身上存在几年或几十年，膨胀性地生长有较清楚的界限，居于皮下软组织中可以稍稍推动。恶性肿瘤俗称毒瘤或癌症大多生长速度较快，界限不太清楚。恶性肿瘤居于表浅部位者往往也不易推动，浸润性生长容易发生转移性。
巧克力囊肿良性和恶性只能通过病理确定，卵巢的良恶性肿瘤判断是比较复杂的，要结合B超，肿瘤标记物检查，血检查等判断，一般良性肿瘤边界是清楚的，质地是比较均匀的，恶性肿瘤可能会伴有腹水，边界不清楚，具体的要去医院咨询专业医生做相关检查判断的。
对于肿瘤，根据病理性质不同分为良性肿瘤和恶性肿瘤，主要通过病理诊断来判断，这也是判断肿瘤良恶性的金标准。其他的检查包括影像学检查，还有常规的体格检查以及肿瘤标志物检查可以作为一个参考。良性肿瘤可能在影像学检查以及常规大体来看，包膜是完整、质地可能不是太硬、能够移动。如果是恶性肿瘤，有可能与周围组织粘连固定，还有可能包膜有破溃或者出血感染、疼痛等症状，这种考虑恶性肿瘤可能性大一点。
看肿块生长快慢，有些肿块几年甚至几十年没有增大或生长得很慢。如果肿块突然生长很快，一天天增大，也无压痛症状，就要考虑有可能变成恶性肿瘤了。看肿块的性状如何，颜色是否加深，如果发现颜色变深，表面变得粗糙，高低不平，就有可能变成恶性黑色素瘤了。良性肿瘤摸上去较软，恶性肿瘤则摸上去较硬。
良性肿瘤大多生长缓慢，恶性肿瘤生长迅速；其次，良性肿瘤有一个完整的包膜，对周围的情况没有什么影响，恶性肿瘤无包膜，会病犯到周边的大部分器官。最后，良性肿瘤没有在体内发生转移，但恶性肿瘤大多在人体内扩散。