肝脏囊肿多是采用手术进行治疗，但是不同症状选择的手术也是不同的。这样才能准确穿刺到经皮囊肿囊液，操作相对比较简单，但是一定要严格采取无菌技术，避免囊内出现血和脓肿，所以要选择正规医院进行治疗。肝脏囊肿还可以采用囊肿摘除术，多用于容易剥离的单发性囊肿患者，治疗会更彻底。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
在中医理论中有肝肾同源之说，那么针对肾囊肿有作用的中药治疗方式也可以用到肝囊肿的治疗中来，因为肝囊肿或肾囊肿的治疗上不能只求活血通络带动囊内液体的传送，还要抑制囊壁上皮细胞继续分泌液体。这样才能起到好的治疗效果。
囊肿并不算大对肝脏功能没有影响，不需要治疗，定期复查就行，一般直径达到5CM以上才需要考虑治疗。肝脏的囊肿是一种良性的病变，囊肿可以破坏正常的肝脏组织，需要结合囊肿的大小，部位，对肝脏功能的影响，确定治疗方案从彩超结果看。