肛乳头瘤晚期症状表现有赘生物基底稍宽或有带，表面有颗粒，表面湿润或有出血，在颗粒间常集中有脓液，散发腐臭气味，搔抓后可继发化脓。位于湿度较低干燥部位的生殖器疣，损害常小而呈扁平疣状。
典型症状有肛乳头瘤脱出、便后出血，排便不净、肛门瘙痒等，常见症状有：排便不尽感，在排便后还是有排泄物留在肛门内，有下坠的感觉，这就是排便不尽感。肛门瘙痒，乳头瘤随排便反复脱出肛门外，肛门受到摩擦导致炎症的发生，引起肛内分泌物流出，刺激肛周皮肤，引起瘙痒；嵌顿，肛乳头体积变大，脱出肛门外后，不能及时被推回到肛内就很容易引起嵌顿现象。
一般来说，肛乳头瘤症的症状如下：
肛乳头瘤，是肛门周围良性疾病，其症状有：一是肛门异物，用手挤压异物时，无疼痛无出血，边界清楚，质地较软，表面光滑。二是肛乳头瘤的基底部牢固，蒂较长，常突出肛门口，进行肛门镜检查时很容易就发现了。
建议术后注意不要对肛门造成刺激，避免出现肛门痉挛，导致肛乳头瘤再次复发，还要做好伤口周围的卫生护理措施，避免伤口感染，出现伤口肿胀的现象。
症状一是排便不尽感二是肛门瘙痒三是嵌顿四是肛门不适五是出血和疼痛，如果是有肛门乳头瘤癌变的话，它主要是由于有一个微生物直接堵在肛门口，从而导致大便难以解除建议，极好的方式是能够通过手术的方式来进行治疗，自己平时饮食方面也要注意清淡一些。
肛门不适，初起，肛门有坠胀的感觉，有时肛门瘙痒不适，如有炎症，不仅坠胀感明显，还可因刺激而频欲排便，肛乳头脱出，肛乳头长到一定程度，大便时能脱出肛外。开始大便后能自行回缩于肛内，逐渐需用手推方能缩回肛内，甚至长期脱出肛外。