做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
当肠镜进入肠道内可能会引起腹部胀迫感及有大便的感觉，这种现象一般是正常的，不会感到很难受，病人可深呼吸以便放松自己来改善症状，一般检测完毕，症状就会消失。肠镜的检测作用是用来排查不明的下消化道出血、慢性腹泻、排便异常等患病原因，以及大肠息肉、肿瘤出血等病变程度的观测。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
肠镜跟胃镜相比难受的状况还是要看个人的耐受程度，一般肠镜前期准备工作难受点，一开始就要喝泻药然后不停的拉肚子，直接拉水状为止。检查过程中管子由肛门进入检查。而胃镜的前期准备无痛苦，但是检查时管子由口里进入，主要是恶心的难受而不是痛。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。