肛周脓肿早期可以用消炎药等脓肿形成后就需要手术引流加上应用抗生素，否则脓肿迟早会自行破溃，相当手术切开引流，病情会延长，或者炎症扩散，如果是脓肿，手术治疗比较好。
一般治疗肛周脓肿仅需一次手术就能有效果，肛周脓肿是肛瘘的早期阶段，由于感染源部位（内口）多不明显，所以在治疗方法不全同于肛瘘，目前通行的办法是两次手术，即首先切开排脓，待数月后内口明显、瘘管形成再按肛瘘论治。本病手术的两个关键依然如何寻找内口和保护肛直环一般不影响性生活。
初期肛周脓肿治疗去做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因对症治疗。生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物，保持大便通畅。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
肛周脓肿引流正常是不痛的，因为肛周脓肿引流手术，有打麻药，所以应该不会疼痛的，而且手术后的疼痛可以通过使用止痛药缓解痛苦，但注意术后需要住院治疗，便于观察换药治疗。