约2-3周左右。可采用切开加挂线疗法，是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用。
传统挂线疗法是用药制丝线、医用丝线、橡皮筋等材料，缠扎患病组织，利用“挂线”的紧箍力，阻滞气血、经络，使局部组织坏死，以剖开瘘管或窦道，治疗肛瘘及各种窦道的方法。切开挂线法是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
肛瘘术后可以抽烟，但是尽量少抽。术后需要每天肛门中药坐浴，然后摸药膏，每天肛门消毒换药，大便后也需要清洗肛门。注意饮食，不能喝酒，不能吃辣椒，多吃水果和蔬菜，清淡饮食，保持大便通畅。便秘、腹泻会引起伤口水肿。一般术后一个月左右伤口可以完全愈合。
临床上肛瘘有两种治疗方法：堵塞法：无创伤无痛苦，适合于单纯性肛瘘。手术治疗：原则是将瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促使愈合。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，避免肛瘘复发。肛瘘难以自愈，不治疗会反复发作并形成直肠肛管周围脓肿，因此绝大多数肛瘘需手术治疗。
如果长期不治疗，危害很多，第容易引起一些分泌物；肛门周围会分泌一些东西，比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污裤，就是内裤污染；另外可以引起皮炎湿疹。第肛瘘形成之后，可以在肛门周围形成一个肿块，肿块实际上就是肛瘘的瘘管，肿块时间长之后可以引起病人的疼痛。