肛瘘主张手术处理。只要手术时不要损伤到肛门外括约肌的深浅部及内括约肌的齿线上方不会留有肛门失禁的后遗症。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等。
肛瘘癌变症状一般在脸、手等部位常见的瘊子有扁平疣和寻常疣之分。它们都是由乳头瘤病毒感染引起的皮肤病。皮肤擦伤或搔抓是引起瘊子发展增多的重要因素。以“疣状表皮发育不良”癌变率最高，“尖锐湿疣”次之，“扁平疣”癌变率排第三。症状就是大量增加奇痒无比所有增加免疫力的方法都有助于扁平疣的消退。
肛瘘癌变症状大多表现为大便性状的改变和大便出血。肛瘘是直肠粘膜与肛门周围皮肤之间形成的异常通道，如果肛瘘癌变，就应该及时到正规医院检查，查清病因，可以采取手术的方法进行治疗。
长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
可能会。肛瘘是有可能发生癌变的，肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变是0.1%的概率，所以患者们大可不必过分紧张。