可以治疗包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能治好。及时手术治疗，治疗效果好，没有什么后遗症。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘一般药物的治疗效果不是很好，可以手术治疗，可以去三甲以上的医院根据肛瘘的类型选择手术的方法。手术后可以口服消炎药物治疗。每天用生理盐水清洗肛门，外涂点大环内酯类消炎药膏治疗。
保守治疗是可以的，肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病，所以要去正规的肛肠医院治疗。
不做手术高位肛瘘只能缓解，还是通过手术来进行，可以达到效果。目前先可以进行坐浴，只是可以缓解症状。同时要注意肛门周围的清洁干燥和卫生。或者是去医院的肛肠外科根据医嘱来。