长期反复发作的直肠炎，容易导致直肠的其他病变，必须系统的治疗，可以选择住院进行系统的治疗，缓解暂时的症状。可以选择中药保留灌肠，配合外用以及口服药物。直肠炎对饮食的要求严格，带刺激性的东西都不能吃，包括葱姜蒜。像牛奶这种对胃肠道有刺激性的物质也不能喝。
直肠炎主要表现为腹痛、腹泻、腹胀。会在肛门周围会表现出剧烈的疼痛。可能出现便秘和腹泻交替，可能出现粘液和血便。治疗方法可以用药液清洗，也可以全身用消炎药治疗。食物要忌讳辛辣刺激的食物。
直肠炎要去做一个肠镜，看一下肠道内壁情况，明确下具体的病因，对症下药。单纯的肠炎，要控制饮食，避免辛辣刺激冷硬食物，规律进餐，然后消炎治疗平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而致肠道功能紊乱。
直肠炎反复患者可以口服氧氟沙星、甲硝唑、奥硝唑等药物治疗。
直肠炎患者除了要积极配合医生治疗以外，平时要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，戒烟戒酒，避免浓茶浓咖啡，不能吃辛辣刺激性食物，注意腹部保暖。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，比如火锅、冰可乐等，有利于身体恢复。
直肠炎的治疗，取决于直肠炎的性质。直肠炎通常分为特异性直肠炎和非特异性直肠炎。特异性直肠炎要根据大便常规、大便培养检查结果以及发病原因进行针对性的治疗，其疗效非常明显，特别是有针对性的使用抗生素，配合辨证的使用清热利湿、健胃的中药，治疗效果非常明显。而非特异性溃疡性直肠炎病因不明，治疗相对复杂。非特异性溃疡性直肠炎和结肠炎，要采用综合的治疗，应用中药辨证治疗，调整体质，能够达到长久见效。