通常有必要先预约看医生，然后与护士预约介绍肠道准备。需要带些糖果来避免治疗当天低血糖。进入肠道的过程是从直肠到乙状结肠再到升结肠，然后到横结肠，再到降结肠，然后慢慢收回镜子来看肠道。这就是过程。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
当肠镜进入肠道内可能会引起腹部胀迫感及有大便的感觉，这种现象一般是正常的，不会感到很难受，病人可深呼吸以便放松自己来改善症状，一般检测完毕，症状就会消失。肠镜的检测作用是用来排查不明的下消化道出血、慢性腹泻、排便异常等患病原因，以及大肠息肉、肿瘤出血等病变程度的观测。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
肠镜检查属于有创的检查方法，检查前需要灌肠，清洁肠道。所以检查前要清淡饮食，多喝水，可以吃流食或者半流质食物。检查的过程可能会对肠黏膜有一定的损伤，引起小腹部胀痛不适，恶心、呕吐等症状。检查后当天不要剧烈运动，多注意休息。检查后可能会有大量的气体和体液排出，肠镜检查后两小时可以适当的进食和喝水，刺激肠道蠕动，缓解小腹部胀痛不适的症状。