会出现肛门失禁：肛周脓肿会对括约肌造成严重伤害，甚至可能会引发肛门失禁等一些并发症发生。此外，还会有癌变的风险性。症状较轻时，可采用超声速治疗，或采用坐浴减少脓肿。如果囊肿肿胀，可以手术治疗。如果发现肛周囊肿，必须及时治疗，以避免引起其他肛门疾病。
肛周囊肿得去医院接受治疗，做手术。术后日常饮食中可多选用蔬菜、水果、豆类等含维生素和纤维素较多的饮食，少吃辛辣刺激性的食物，如辣椒、芥末、姜等，否则会加重病情。感染是引起肛周脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。
肛周脓肿不会自愈，应该考虑需要手术治疗，如果不积极治疗，肛周脓肿破溃后会形成肛瘘，这也需要手术治疗，确诊肛周脓肿后，积极手术治疗，需要应用抗生素药物，手术后积极的换药，大部分都能一期愈合，保持肛门清洁。
建议在便后保持肛门清洁的习惯，肛门不适时及时就诊，以免延误病情。肛周脓肿是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，绝大部分感染都是由肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，腹泻和便秘时易引发肛窦炎，所以尽量减少腹泻和便秘。
周脓肿会继发为肛瘘，长时间未治或误治有癌变可能，而且肛周脓肿不同于身体其他部位的感染，一旦发生，就无自愈和药物可能，只有手术切开或自溃才能解决。保守治疗仅能缓解症状，必须手术彻底治疗肛周脓肿。