复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
复杂性肛瘘不严重。必须通过手术来治疗。复杂性的肛瘘就是手术之后还有可能出现再次复发的情况，所以饮食必须特别注意辛辣刺激性的，生活，要有规律排便才会有规律，才能避免便秘。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
肛瘘通常是因为肛门发生感染以后向外溃破形成一种管道，肛门直肠周围的软组织感染化脓后向外溃破，或被人为切开后形成的管道，通常称之为肛瘘，这种也叫高位复杂性肛瘘。是肛肠外科的一种疑难病，需要引起高度的重视。
高位复杂性肛瘘一般属于比较棘手的疾病，往往需要挂线手术疗法，但是有的是很难探及完整的瘘管盲端的，特别是高位、近端的那个出口一般高位复杂性肛瘘主要是不能完全切除，因为有损伤肛门括约肌造成大便失禁的可能。挂线疗法往往需要2-3周左右才能愈合得比较好一些。
复杂性肛瘘是严重的肛周疾病，危险性较高。不及时进行手术治疗，易经常复发、感染，脓腔向周围扩展，直到直肠窝，严重时会导致直肠破溃。若脓液长期刺激瘘管可以形成黏液腺癌，是直肠恶性程度较高的一种肿瘤，需将整个肛门、直肠切除，复发率也较高。