肛瘘手术一般创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常损伤肛门括约肌，导致排便失禁，普通的并发症就是水肿，尿潴留等轻微疾病。可发生术后出血。为此，在手术中一定要结扎明显的出血点，对深部不易结扎的血管，要电灼止血，查无出血后，以纱布填充，加压包扎止血。而对仍有出血者，应打开创面，重新止血。
可以依据自己的身体情况适当做一些运动的，但是注意平时要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，避免油腻辛辣刺激性食物，适当运动，戒除烟酒，也可以在医生的要求下，服用一些药物来调理。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。首先，时间长了容易癌变。其次，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，如肛门会经常疼痛，内裤是经常被脓血污染的，尤其是局部皮肤瘙痒，令人难以忍受。使体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，感到很虚弱、没力气，精神萎靡等。所以，肛瘘对人的危害是很大的，及早手术治疗是上策。