肛门血栓属于肛肠科痔疮的一种，也就是血栓性外痔。其形成是由于外痔内部血管破裂，从而导致血液外痔内淤积，造成外痔肿胀疼痛，色紫暗，所以，治疗本病，最主要的就是对症治疗及活血化瘀，消肿止痛治疗。
血栓性外痔疼痛剧烈，通常伴有急性炎症水肿，虽少许病人通过消炎镇痛及局部坐浴血栓性外痔可另逐渐机化，但仍建议在急性期手术处理。局麻下切开痔核表面粘膜，清除其内血栓，彻底止血后创面予以结扎缝合处理，术后抗炎及局部每日消毒创面。
形成血栓性外痔会伴有疼痛包块，跟饮食及生活习惯有关，特别是着凉，吃辛辣食物饮酒后加重。忌食生冷硬辣食物，以软食易消化为主，多吃蔬菜水果，保持大便通畅，每晚用热水坐浴后清洗，治疗无效的可以去肛肠科检查。
血栓性外痔可以先应用中医成方冲合膏外敷，同时避免腹泻便秘，久蹲久坐等不良生活习惯，并注意卧床休息。若患者肛门疼痛明显，可口服止疼药缓解症状。部分患者可采取保守治疗方案痊愈，但如果保守治疗效果不佳，则需要手术治疗，方可痊愈。手术方式为血栓性外痔切除术，操作简便，痛苦很小且效果立竿见影，术后每日换药即可逐步痊愈。
血栓性痔疮是痔疮里面比较严重的，会伴有明显的疼痛不适症状。如果病人身体状况比较好，可以直接进行手术切除，而如果病人身体状况比较差，则可以先行痔疮血栓切开引流，减轻疼痛的症状，并配合中药消肿止痛药物治疗，同时可以温水坐盆。