肛周囊肿的治疗主要是手术治疗。肛周囊肿是表皮样囊肿，起源于具有分化潜能的上皮细胞，囊壁覆角化上皮，该病多发于青壮年，是一种良性肿瘤，罕有恶变。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均应手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。
肛周囊肿平时要注意喝水，多吃一些水果蔬菜和一些新鲜的果汁，少吃一些营养容易上火的食物，平时要注意个人卫生，多用清水清洗，每天换洗贴身衣物，穿纯棉较好的内裤，还要注意休息。
及时采取HCPT手术，手术整个过程在电脑精密控制中进行，术中和术后安全可靠；HCPT无需像传统手术那样将脓肿大面积切开，避免手术对造成较大的创伤。到当地正规的大医院，或者是三甲医院，早日治疗早日康复，以免延误治疗。
多吃绿色食物，多纤维蔬菜：如：菠菜、芹菜、冬瓜、丝瓜、南瓜、绿豆、黄豆、油菜、黄花菜、木耳、海带、萝卜，还有茭白等蔬菜很清淡，还含有较多的纤维素，能够清热解毒，经常使用这些蔬菜，能够缓解肛门局部肿痛以及流脓流水的症状。多吃润肠通便的水果：应该选择像西瓜、苹果、菠萝、橘子、梨等。因为它们都有润肠通便的作用。多喝凉性的饮料。也能预防肛门直肠周围脓肿的形成，缓解肛门直肠周围脓肿的症状。
可以吃多纤维蔬菜。如：菠菜、芹菜、冬瓜、丝瓜、南瓜、绿豆、黄豆、油菜、黄花菜、木耳、海带、萝卜，还有茭白等蔬菜很清淡，还含有较多的纤维素，能够清热解毒，经常使用这些蔬菜，能够缓解肛门局部肿痛以及流脓流水的症状。
用电刀和电镊即可。放射状或弧状电刀切开脓腔，并彻底打开各个分隔，同时尽量清除坏死组织，电镊进行有效止血，避免结扎线，防止脱落后残留体内形成窦道；若切开引流，治疗方法和瘘管基本相同。