如果已经出现肛瘘，那么需要通过手术来治疗了，出现凸起也有可能是痔疮，具体是什么情况需要做个肛检来确定，如果确定肛瘘，瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。
典型的肛瘘包括内口、外口和瘘管。内部开口主要分布在齿状线上。可能有一个内部开口或几个内部开口。对于肛瘘，保守治疗无效。一旦发现，建议尽快操作。肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘。不同类型的操作方法也不同。对于高位肛瘘，一般采用挂线疗法预防术后大便失禁。
肛瘘的治疗一般有肛瘘者没有任何不适的症状，这种可以带瘘生存，肛瘘是瘘管走向分为低位肛瘘和高位肛瘘，又是瘘管的数量分为单纯性和复杂性肛瘘，不同类型的肛瘘治疗方式不一样，一般常用的方式有肛瘘切除，肛瘘挂线或低位肛瘘切除高位挂线等。
肛瘘外口闭合后是否要戳破，主要取决于肛瘘者自身的症状，和外口的局部情况。假如肛瘘外口闭合后，而肛瘘处于静止期，无明显的肿痛，溢脓的症状，外口闭合后可以不需要特殊的处理。伴有肛旁肿痛不适，局部红肿，炎症比较明显，考虑肛瘘伴感染的症状，对于外口闭合的，及时把外口切开，让脓性分泌物排出，避免肛瘘感染进一步加重，形成肛周脓肿。
一般可能是痔疮引起的，痔疮主要是看轻重的程度，一定要调整饮食生活规律，多食用富含纤维的食物。多吃蔬菜水果谷类。还可以促进肠蠕动利于排便。不要吃辛辣油腻的东西，酒咖啡也尽量少喝。