肛瘘手术后，需要2-4周的康复时间，在恢复时间内症状是逐步改善的过程，一般的手术后需要个人体质来决定，目前需要注意营养来改善状况，同时需要注意休息帮助改善，不要熬夜。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘手术失败后，表现为，局部肛门外缘的瘘口，或者是伤口久不愈，里面形成内口。主要表现为肛缘的瘘口，分泌物，反复的肿胀，局部肿胀，可能伴有一些热痛等不适，考虑肛瘘复发，或者是手术失败。考虑是手术过程中并没有完全清除，或者是切除瘘口漏洞，或者是术后护理没有护理妥当。
肛瘘的术后一般需要住院10-15天左右，在住院期间大夫会给输预防感染、止疼、止血的药物，每天会清洗伤口、换药，一般术后15天左右没有明显的疼痛，这时候基本上就不影响正常的生活。根据创面的大小一般在40-45天左右的时间切口可以愈合，这时候肛瘘就可以完全治愈。