高位复杂性肛瘘的发病原因：约90%的肛瘘属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起；还可能有一些特异性原因的肛瘘；外在性的因素，比如痔疮，肛裂，跌伤，感染性病等；手术方面的因素。
高位肛瘘的治疗，通常需要采取肛瘘挂线术。挂线的目的有两个，第一个作用通常是起到引流高位肛瘘所产生的分泌物，肛瘘手术后分泌物大部分是脓液，由于伤口的位置比较高，很难自行排出。所以此时会在瘘口内口和外口之间挂一根线，起到引流分泌物的作用。第二个作用是逐渐切割内括约肌的作用。
高位复杂肛瘘是有希望治好的，只是疗程会比较漫长一些。需要在发病后就采取措施，可以每天晚上用热水坐浴，之后用碘伏清洁肛门，情况允许时就可以做封闭管道引流手术来治，把感染的肛窦全部清除干净。
每种肛瘘类型病人采用两种手术方法治疗，分别比较两组手术方法治疗效果、术后疼痛、创伤愈合时间及肛门括约肌功能。低位单纯性肛瘘组分别采用改良肛瘘切缝引流术和瘘管切开基底缝合术治疗。
高位复杂肛瘘的费用在3000元-5000元。肛瘘往往需要挂线手术疗法，但是有的是很难探及完整的瘘管盲端的，特别是高位、近端的那个出口。高位复杂性肛瘘主要是不能完全切除，因为有损伤肛门括约肌造成大便失禁的可能。