肛瘘最常见的病因就是免疫力低下，便秘等。因为肛瘘有一个连通的瘘管，然后粪便就容易堆积在肛瘘的位置，引起反复的感染。肛瘘是如何引起的其根本原因是肛门直肠周围脓肿。
高位肛瘘产生的原因有一点就是由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，这样就非常容易让病毒侵入、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。还有种情况就是脓肿自行破溃所导致的。
高位复杂性肛瘘是指瘘管位于外括约肌深部以上，是肛肠科治疗难度较大一种疾病。肛瘘的症状是肛门周围反复起脓包破溃流脓水，经久不愈反复发作。那么它的形成原因最多是由于简单的肛瘘转变而来的，刚开始贻误了一开始的治疗时机，导致慢性感染的加重而形成的复杂性的肛瘘，这时需要进行挂线疗法。
肛瘘是由于肛隐窝感染引起。形成肛隐窝炎，这种炎症如果未加控制，则会沿着肛腺的腺管向里面感染，导致中央间隙脓肿，随着脓液越来越多，脓腔内压力越来越大，脓腔内的脓液就会往某个薄弱的地方突破。如果它向上穿透了肛提肌，脓液就会进入骨盆直肠窝中，形成高位脓肿。同样的道理，脓液可能同时往多个方向突破，这样就会形成多根瘘管出来，从而演变成多瘘管的复杂性肛瘘。
高位肛瘘指瘘管及其支管在肛提肌和肛管直肠环上方的肛瘘。主要的临床表现为肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。病因较多，比如肛周脓肿溃破、直肠肛门损伤、会阴部手术、肠结核、溃疡性大肠炎、克罗恩病、直肠肛管癌、血行感染或其他疾病。