对于肛周脓肿手术以后，如果不积极治疗，还是有复发的可能性的，当人体免疫力低下，或者是后期治疗不积极，都是有复发的可能的，但多数需要手术治疗，肛周脓肿的治疗时，皮肤脓肿常规切开和引流后增加抗生素不会改善愈合时间，也不能减少复发，因而通常不应用。手术以后首先需要消炎换药，禁忌辛辣刺激性食物，防止便秘，尽量促进伤口愈合。减少复发的机会。
肛周脓肿经过手术以后，是有一定的复发率的，肛周脓肿位置过深，范围过大，造成手术切开不充分，术后深部创面的炎性组织、物质不能得到充分的引流，那么可能就会复发。
肛周脓肿和肛瘘是一样的，有一定的复发率，跟脓肿复杂程度有关系。临床上见到的比较简单的脓肿复发的几率是很小的，就像简单的肛瘘是一样的道理。越复杂的可能复发的几率就越高。
原则上讲切开的肛窦不会再次反复感染，但跟生活习惯是否规律，排便是否有规律，有形状有关。个人的免疫力低下，还有基础疾病，糖尿病、凝血机制不正常，长期口服激素的，还有贫血等。这些如果做的不恰当，容易复发。
如果是单纯的肛周脓肿切开引流手术，往往由于没有处理内口或者内口难以处理，容易继发形成肛瘘，之后如果肛瘘外口发生堵塞，在引流不通畅的情况下，有可能再次发生肛周脓肿。如果肛周脓肿切开引流手术时，一期处理好内口，进行挂线手术，则可以大大降低复发的可能性。
如果是单纯的肛周脓肿切开引流手术，往往由于没有处理内口或者内口难以处理，容易继发形成肛瘘，之后如果肛瘘外口发生堵塞，在引流不通畅的情况下，有可能再次发生肛周脓肿。如果肛周脓肿切开引流手术时，一期处理好内口，进行挂线手术，则可以大大降低复发的可能性。